Kulübün resmi internet sitesinden yayımlanan açıklamada, takımın, Turkcell Süper Lig'de ve Fortis Türkiye Kupası'nda finale yaklaştığı bir süreçte Futbol Federasyonu'nun Kulübe karşı taraflı bir tutum içerisinde bulunduğu öne sürüldü.Futbol Federasyonu Disiplin Kurulu ile Tahkim Kurulu'nun Fenerbahçe Kulübü aleyhine taraflı kararlar aldığı belirtilen açıklamada, şöyle denildi:"
Federasyon seçimlerindeki duruşu ile taraflı tarafsız herkesin takdirini alan Kulübümüz yönetimi, aynı duruşunu seçimler sonrası süreçte de benzer şekilde sürdürürken FEDERASYON KURULLARININ geçmiş dönemdeki yanlışlarını ısrarla sürdürdüğünü değişik defalar dile getirdik.. Maalesef lig ve kupa finaline yaklaşan süreçte FEDERASYON KURULLARININ Kulübümüze karşı olan taraflı tutumu had safhaya ulaşmıştır.
Disiplin ve Tahkim Kurulu'nun taraflı kararları, rakiplerimiz ile saha içi mücadelemize doğrudan müdahale niteliğine bürünmüştür. Kupa Finali öncesi maçın hakeminin atanması dahil, müsabakanın neticesine tesir edecek hatalar yapacağına dair ciddi duyumlarımızı Federasyon'un en üst düzey yöneticilerine iletmemize rağmen müsabaka hakeminin oyuna tesir eden hatalarını milyonlar televizyonları başında izlediler. Hakem hatalarının bu denli ön plana çıktığı müsabaka sonucunda KUPA'nın kimlere armağan edildiğini ve götürüldüğünü kamuoyu şaşkınlıkla izlemektedir. Herkesin gözü önünde fütursuzca yaşanan olaylar karşısında tüm kamuoyunu ve futbol üzerindeki gözetim ve denetim yetkisi bulunan tüm görevlileri, yazılı ve görsel basınımızı FEDERASYONUN Kulübümüze karşı olan yanlı tutum ve davranışlarına karşı harekete geçmeye davet ediyoruz."
Futbol Federasyonu'nun, objektif tutum ve davranışlarda bulunması istenen açıklama şöyle devam etti:"Kulübümüzün alın terine ve emeğine saygı göstermeyen Federasyonun tarafgir tutum ve davranışlarına artık bir son vermesini, emeğimizin karşılığını tarafgir eylem ve kararlarla yok etme gayretinde olanların Kulübümüzün şanlı tarihi ve ortak değerleri altında ezileceğini, her türlü engelleme çabasına rağmen
17. LİG ŞAMPİYONLUĞU KUPASINI Müzemize götüreceğimize inancımızın tam olduğunu önemle duyuruyoruz."