Ergenekon Operasyonu soruşturması kapsamında gözaltına alınarak emniyette sorgulanan ve saat 02:30 sularında Beşiktaş'taki İstanbul Adliyesi'ne sevk getirilen Doğu Perinçek, savcılık soruşturmasının ardından tutuklanma talebi ile sevk edildiği mahkemece tutuklandı. Perinçek, sivil polis otomobilleri ile Bayrampaşa Cezaevi'ne götürüldü.
Doğu Perinçek'in avukatı Mehmet Cengiz, AKP'nin kapatma davasından sonra gerçekleşmiş olmasının bir rövanş niteliğinde olduğu iddiasında bulundu. Doğu Perinçek'in yıllarca çetelere, Gladio'yaya karşı mücadele etmiş bir insan olduğunu, bu şekilde suçlanması doğru olmadığını belirten Cengiz şunları söyledi: "21 Mart operasyonundan 10 gün önce 11 Mart günü Hakimler ve Savcılar Yüksek Kurulu'na verdiğimiz dilekçe, Doğu Perinçek'in tutuklanması ile bir ivme kazandı. AB İlerleme Raporu taslağında ifade edildiği gibi, Türkiye'nin Ulusal güçlerini ve ordusunu dize getirin dendiği 11 Mart günü açıklanmıştır. 11 Mart'ta çizdiğimiz manzara ile karşı karşıyayız. Doğu Perinçek ve İşçi Partisi, çetelere ve Gladio'yaya karşı mücadele etmiştir. Perinçek bugün, bir Gladio örgütlenmesinin başı gösterilmektedir. Sorgular boyunca nihai hedefin TSK olduğunu gördük. Bunu millet önünde protesto ediyoruz. Doğu Perinçek ile ilgili suçlamalar için tek kanıt, 2001 yılında Tuncay Güney adlı provakatörün CIA tarafından devşirilmiş bir kişinin ifadelerine dayanılmıştır. Doğu Perinçek, Ergenekon örgütünün üst düzey yöneticisi olarak suçlanmıştır.
İşçi Partisi'nin İstanbul'daki ve Ankara'daki merkezi 20 saat arandı, hiçbirşey bulunamadı. İşçi Partisi'nin AKP'nin kapatılması için gönderdiği belgeler vardır. Bunlar devletin resmi organları ile de paylaşılmıştır zaten. Suçlamalarda İşçi Partisi belgelerine, Ulusal Kanal kasetlerine, Aydınlık Dergisi yazılarına dayandırılmıştır. Doğu Perinçek'in telefonları 2 Şubat'tan itibaren dinlemeye alınmıştır. Perinçek, bununla ilgili 'bütün görüşmelerime imzamı atıyorum', dedi".
Doğu Perinçek, İstanbul Adliyesi'nde tutuklandıktan sonra polis aracı Bayrampaşa Cezaevi'ne götürüldü. Perinçek'in çıkışı sırasında, İşçi Partili bir grup, araçların önünü çekti. Güvenlik amacı ile bekleyen çevik kuvvet polisi gruba müdahale edince gerginlik yaşandı.
Adliye önünde basın mensuplarının sorularını yanıtlayan İşçi Partisi Genel Sekreteri Nusret Senem, Perinçek'in tutuklanmasını "hukuksuzluk ve skandal" olarak niteledi.